三軍總醫院為衛生署評定之最高等級醫學中心，全院診療單位共計有內、外科二十部、五十八科；為秉持「全心三總，全新服務」以病人為中心服務理念，在醫療團隊的分工與整合下，本院已陸續規劃成立『婦女保健中心』、『癌症防治中心』、『正子斷層造影中心』、『血友病防治及研究中心』、『人工生殖醫學中心』、『3T醫學影像中心』、『健康管理中心』、『心臟外科加護中心』、『中醫門診』及『早期療育聯合評估及療育門診』、『癌症研究病房』、『新藥暨中藥臨床實驗中心』、『立體定位放射手術中心』及『汀州護理之家』。引進醫學尖端科技設備『正子攝影』、『3T核磁共振』、『達文西機器人手臂』、『電腦刀』，革新『基因治療』、『器官移植』技術水準，大大提升本院醫療照護水準。另一方面，為延伸服務觸角，本院已陸續接管國軍基隆醫院、國軍門診中心，並整合署立澎湖醫院與國軍澎湖醫院，以增進對離島偏遠地區民眾之醫療可近性與品質保障。
 
        本院於2004年分別榮獲「國家品質獎」、「行政院服務品質獎」等殊榮，更在2006年通過「CAP實驗室認證」、「國家品質標章」及「全院ISO 9001:2000國際品質認證系統」，成為國內第一家以ISO 9001:2000年版品質管理系統IWA1（適用健康服務機構）準則通過全院驗證之醫學中心。此等榮耀，不僅展現本院以病人為中心追求卓越醫療品質之決心，也證明本院已獲得國際驗證機構醫療品質的肯定，代表本院更有信心能提供民眾更安全的就醫環境。
 
        2006年初，本院突破傳統臨床教育模式，成為國內首創「臨床技能訓練及測驗中心（簡稱OSCE）」之醫學中心，透過專業演員擔任標準病人、各種訓練模型及SimMan模擬假人等器材設計不同主題結構式臨床情境，真正提供臨床醫學生「問題導向式學習」之環境。
 
        未來，本院仍將秉持「以客為尊、全員參與、持續改善」之品質政策來持續創新與精進。